Arti logo SMP Xaverius :
- Segilima menunjuk pancasila sebagai dasar yayasan yang mau setia
pada pancasila.
- Burung merpati melambangkan kuasa dan penerangan roh kudus atas
yayasan.
- Sayap warna dasar kuning lambang pengembangan visi-misi gereja
semesta.
- Buku warna putih lambang dunia pendidikan yang menjadi medan
karya yayasan.
- Salib tanda kristus yang menjadi ciri khas yayasan Katolik.
- Warna biru lambang kekokohan dan kekuatan.
- Pita warna dasar merah melambangkan keberanian yayasan Xaverius
Palembang , nama yayasan dibawah perlindungan St.Fransiskus Xaverius
, berkedudukan di Palembang. Milik keuskupan agung Palembang.
- Sayap warna hijau dengan 12 sirip lambang pertumbuhan yayasan yang
sehat seperti gereja yang dibangun oleh 12 rasul.